Cụ thể, mục tiêu của Chương trình đề ra gồm: trên 80% doanh nghiệp tham gia Chương trình được tăng mức tuân thủ hoặc giữ nguyên mức độ tuân thủ cao; trên 80% doanh nghiệp tham gia hài lòng về các biện pháp hỗ trợ của cơ quan hải quan. Đồng thời sau 2 năm triển khai thực hiện, 100% doanh nghiệp tham gia không bị xử lý về hành vi vi phạm pháp luật hải quan thuộc Phụ lục VI Thông tư 81/2019/TT-BTC, được đánh giá mức độ tuân thủ pháp luật ở mức 2 (tuân thủ cao), mức 3 (tuân thủ trung bình) theo quy định và phấn đấu tăng tỷ lệ doanh nghiệp tuân thủ mức 2, mức 3 đạt trên 20% tổng số doanh nghiệp hoạt động xuất nhập khẩu sau 05 năm thực hiện. Chương trình gồm 02 giai đoạn: Giai đoạn thí điểm: thực hiện trong thời gian 02 năm kể từ khi ban hành, kết thúc giai đoạn sẽ tổng kết thí điểm để đo lường, đánh giá và sửa đổi, bổ sung để phù hợp với thực tế; Giai đoạn triển khai chính thức: triển khai sau khi giai đoạn thí điểm, tổ chức sơ kết 1 năm/1 lần, sau 05 năm Chương trình sẽ tổng kết đo lường, đánh giá kết quả thực hiện các mục tiêu và phương hướng triển khai giai đoạn tiếp theo. Ngoài ra, doanh nghiệp tham gia được cơ quan hải quan tư vấn, hỗ trợ hướng dẫn theo các cam kết tại biên bản ghi nhớ đối với doanh nghiệp khi có yêu cầu; được hỗ trợ, tư vấn liên lạc giải quyết các vướng mắc trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất nhập khẩu, quá cảnh. Quyết định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15/7/2022.