Tuy nhiên, theo Chủ tịch Hội Thủy sản tỉnh, sản lượng tôm của An Giang hiện chỉ đứng thứ 5 trong khu vực Đồng bằng sông Cửu Long, do hạ tầng chưa phát triển đầy đủ, nhiều khu vực thiếu nước mặn và phụ thuộc vào nguồn giống nhập khẩu. Thêm vào đó, ngành tôm tỉnh vẫn đối mặt với các vấn đề như chi phí sản xuất cao, giá bán thấp, dịch bệnh và ô nhiễm môi trường. Để giải quyết những thách thức này, tỉnh đã khuyến khích ứng dụng công nghệ cao vào nuôi tôm như Biofloc, RAS và IoT giám sát môi trường. Một số doanh nghiệp đã đầu tư vào vùng nuôi công nghệ cao, xuất khẩu tôm sang các thị trường khó tính như Hoa Kỳ và Nhật Bản. Tuy nhiên, chi phí đầu tư lớn là rào cản khiến nông dân khó tiếp cận. Điển hình là Công ty Cổ phần Trung Sơn, với vùng nuôi tôm đạt chuẩn quốc tế, đã xuất khẩu 3.650 tấn tôm trong 6 tháng đầu năm 2025, thu về 9 triệu USD. Công ty này cũng đặt mục tiêu sản xuất 6.500 tấn vào năm 2025, đạt kim ngạch xuất khẩu trên 20 triệu USD. Ngoài ra, ông Phan Hiếu Nghĩa, một nông dân tại Tô Châu, đã chuyển sang nuôi tôm thâm canh ứng dụng công nghệ cao, đạt lợi nhuận từ 200 – 500 triệu đồng mỗi năm, nhờ các cải tiến như lưới che, hệ thống cung cấp oxy đáy ao và cho ăn tự động. Đến năm 2030, An Giang đặt mục tiêu nâng diện tích nuôi tôm lên 145.440 ha, trở thành trung tâm sản xuất tôm chất lượng cao của Đồng bằng sông Cửu Long và cả nước.